加工區(qū)與境外之間進、出的貨物，由貨主或其代理人根據(jù)加工區(qū)管理委員會的批件，填寫進、出境貨物備案清單，向主管海關備案。備案清單由海關總署統(tǒng)一制發(fā)。
海關對加工區(qū)與境外之間進、出的貨物，按照直通式或轉關運輸?shù)霓k法進行監(jiān)管。   
加工區(qū)與境外之間進、出的貨物，除實行出口被動配額管理的外，不實行進出口配額、許可證件管理。
從境外進入加工區(qū)的貨物，其進口關稅和進口環(huán)節(jié)稅，除法律、法規(guī)另有規(guī)定外，按照下列規(guī)定辦理：
（一） 區(qū)內(nèi)生產(chǎn)性的基礎設施建設項目所需的機器、設備和建設生產(chǎn)廠房、倉儲設施所需的基建物資，予以免稅；
（二） 區(qū)內(nèi)企業(yè)生產(chǎn)所需的機器、設備、模具及其維修用零配件，予以免稅；
（三） 區(qū)內(nèi)企業(yè)為加工出口產(chǎn)品所需的原材料、零部件、元器件、包裝物料及消耗性材料，予以保稅；
（四） 區(qū)內(nèi)企業(yè)和行政管理機構自用合理數(shù)量的辦公用品，予以免稅；
（五） 區(qū)內(nèi)企業(yè)和行政管理機構自用的交通運輸工具、生活消費用品，按進口貨物的有關規(guī)定辦理報關手續(xù)，海關予以照章征稅。
除法律、法規(guī)另有規(guī)定外，區(qū)內(nèi)企業(yè)加工的制成品及其在加工生產(chǎn)過程中產(chǎn)生的邊角料、余料、殘次品、廢品等銷往境外的，免征出口關稅。

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