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影響復(fù)合物分子穩(wěn)定性的主要因素是疏水作用和鍵合力大小， Audie等建立了一種新的經(jīng)驗自由能公式， 該方法能夠預(yù)測蛋白質(zhì)2蛋白質(zhì)鍵合力大小， 準(zhǔn)確率達(dá)到89% .而影響鍵合力的因素有作用位點空間位的互補、靜電相互作用和氫鍵等， 且溶解熵對穩(wěn)定受體2配體復(fù)合物起著重要的作用， 所以分子對 接的過程主要包括分子間的空間互補和電學(xué)性質(zhì)互補?？臻g互補是分子間發(fā)生相互作用的基礎(chǔ)， 能量互補是分子間保持穩(wěn)定結(jié)合的基礎(chǔ)。
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